L’intolérance alimentaire se traduit généralement par une difficulté de l’animal à digérer son aliment soit parce qu’il n’est pas assez digestible, soit que sa concentration énergétique est insuffisante ou que l’un des ingrédients qui le compose est de mauvaise qualité. Chez les chiens et les chats, l’intolérance alimentaire est souvent confondue avec l’allergie car elles se traduisent toutes les 2 par les mêmes symptômes mais l’intolérance alimentaire ne fait pas intervenir le système immunitaire. Le lait et les régimes alimentaires trop riches en céréales peuvent ainsi être à l’origine d’une intolérance alimentaire.
L’allergie est une réaction exagérée du système immunitaire du chien, liée au contact entre celui-ci et un agent allergisant. L’allergie se manifeste le plus souvent par un prurit (ou démangeaison) intense : l’animal se gratte anormalement ce qui occasionne des lésions.